一、定义不同：
食品科学与工程专业主要研究化学、生物学、食品工程和食品技术等方面的基本知识和技能，在食品领域内进行食品生产技术管理、产品开发、工程设计、品质控制、科学研究等。例如：酸奶发酵工艺的设计，罐头类食品的加工、生产，食品营养物质的研究，食品质量的监督和检测等。
食品质量与安全专业主要研究生物学和食品工程学等方面的基本知识和技能，包括食品生产技术管理、食品质量检测和食品安全检测等，在食品行业内进行食品品质控制和卫生监督等。例如：食品加工流程中的卫生监督，食品添加剂含量的检测，保健食品的功能检测，特殊类食品贮藏方法的研究等。
二、课程体系不同：
食品科学与工程专业学习课程为：《食品工程原理》、《食品营养与卫生学》、《食品添加剂》、《食品微生物学》、《食品质量与安全》、《食品发酵工程》、《食品发酵工艺学》、《食品工艺设计》、《果蔬产品工艺学》、《食品工厂机械与设备》 部分高校按以下专业方向培养：生物、海洋食品、营养与养生、食品卫生与检验、蜂学及蜂产品加工。
食品质量与安全专业学习课程为：《食品工程原理》、《食品营养与卫生学》、《安全食品》、《食品质量安全快速检测原理及技术》、《食品添加剂》、《食品微生物学》、《食品供应链管理》、《低酸罐藏食品与安全》、《功能性食品与保健功效评价》、《粮油食品加工与质量控制》 部分高校按以下专业方向培养：功能食品。
三、学位不同：
食品科学与工程专业本科毕业颁发的学位证是工学学士与农学学士学位，而食品质量与安全专业本科毕业颁发只是工学学士学位。
四、培养目标不同：
食品科学与工程专业主要培养出来是食品设计与加工的技术人才；食品质量与安全专业主要培养出来是食品管理与安全的保障人才。
五、就业方向不同：
食品科学与工程专业就业方向
食品类企业：食品工程设计、产品开发、食品加工、质量检测、品质控制、技术监督、食品营养研究；
政府、事业类单位：食品检测、技术监督、执法管理。
食品质量与安全专业就业方向
食品类企业：食品生产、食品研发、质量检测、品质控制；
政府、事业类单位：卫生监督、质量检测、食品安全。
六、考研方向不同：
食品科学与工程专业考研方向
食品科学与工程、食品工程、食品科学、食品加工与安全、粮食、油脂及植物蛋白工程、农产品加工及贮藏工程。
食品质量与安全专业考研方向
食品工程、食品科学与工程、食品科学、食品加工与安全。
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