孙氏一生以济世活人为己任，对病人具有高度的责任心和同情心，他提出“大医精诚”，要求医生对技术要精，对病人要诚。他认为医生在临症时应安神定志，精心集中，认真负责，不得问其贵贱贫富，长幼妍媸，怨亲善友，华夷愚智，一样看待；治疗中要不避危险，昼夜、寒暑、饥渴与疲劳，全心赴救病人，不得自炫其能，贪图名利。这也正是他身体力行，躬身实践的写照。
他曾亲自治疗护理麻风病人达600余人。他的高尚医德足为百世师范。宋·林亿赞曰：“其术精而博，其道深而通。以今知古，由后视今，信其百世可行之法也。”
孙思邈积一生医学经验，著成《备急千金要方》和《千金翼方》，较全面地总结了自上古至唐代的医疗经验和药物学知识，丰富了我国医学内容。他的医学思想和学术成就主要反映在九个方面。
第一、发展了张仲景的伤寒论学说，改六经辩证为按方剂主治及临床表现相结合的分类诊断方法，使理论更切合实际。
第二、集唐以前医方之大成，收载医方6500多个，无论是经方、古方、俗说单方均系统整理，大多注以出处。
第三、诊断学上把对疾病的认识提高到一个新水平，突出反映在消渴、霍乱、附骨疽、恶疾大风、雀目、瘿瘤等病的描述和治疗上。
第四、治疗学上创用了新的医疗技术。如下颌关节脱臼手法整复术、葱叶导尿术、食管异物剔除术、自家血脓接种以防治疖病等。
第五、在药物学上，重视地道药材以及药物的种植采集、炮制和贮藏，并在药物七品分类基础上按药物功用分为65章，以总摄众病，便于医生处方用药。
第六、重视妇幼保健，强调妇幼设立专科的意义，为小儿、妇产建立专科创立了条件。
第七、丰富了养生长寿理论，讲求卫生，反对服石，提倡吐故纳新，动静结合，并辅以食治、劳动，使养生学和老年病防治相结合。
第八、在针灸方面绘制彩色三人明堂图，创孔穴主对法，提倡阿是穴及同身寸法，对针灸发展有促进作用。
第九、在炼丹生涯中，记录了硫黄伏火法，是我国早期火药配方，在火药发明上有突出贡献。
孙氏的著作，除上述外，史志见载的颇多，大多已散佚无存。
由于孙思邈在医学上的杰出成就及其崇高的医德医风，使之深受我国历代人民的爱戴，其影响历代相传，经久不衰。千百年来，用来纪念他的庙宇遍布各地，尤其是在他的家乡耀县，早在唐朝后期就在城东药王山为他立祠。此后宋、金、元、明、清各代在那里陆续增建了药王庙，并建有碑亭、石刻等。
如今明朝建的药王庙保存完好，庙内有“孙真人”居住过的石室太玄洞，洞外亭内有明刻《千金宝要》、《海上方》石碑。相传当年孙思邈洗药用的洗药池和他亲手种植的柏树还完好无损。这些中华文化的宝贵遗产深受海内外炎黄子孙的珍爱。每年二月，人们都在药王庙举行仪式，隆重纪念和缅怀这位名垂千古的伟大医药学家。
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