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口腔念珠菌病的病因主要包括：
1.病原菌的毒性和类型
白色念珠菌为一卵圆形芽生酵母样菌，在培养基、组织中和分泌物中均能产生假菌丝，本菌革兰染色为阳性，延长的芽生细胞极似菌丝，故名假菌丝，假菌丝在结节处形成芽生孢子，有时在末端形成厚壁孢子。念珠菌毒性的强弱，取决于毒性物质的代谢产物。在消化道或阴道内寄生的酵母型念珠菌并无致病性，而当它发育为菌丝型时，才有致病性。白色念珠菌对口腔黏膜上皮有较强的粘附性。
2.宿主的防御功能
人类血清中含有一种抗真菌的成分（血清因子），能抑制白色念珠菌生长，6~12个月的婴儿可达到成人水平。故半岁前，特别是未满月的婴儿，最易罹患口腔黏膜念珠菌病。此外，人体内的中性粒细胞、单核细胞和嗜酸性粒细胞，也有消化及杀灭白色念珠菌的功能。
3.药物及其他因素对机体防御力的影响
皮质类固醇激素（SH）的滥用，常引起念珠菌感染，SH能减弱网织内皮系统的功能，减轻炎症反应，减少抗体形成；另一方面SH又能增加真菌活动能力，增强真菌的毒性，免疫抑制剂和抗代谢药物都有上述性能，因而造成了真菌繁殖扩散的条件。广谱抗生素可造成菌群失调，破坏人体消化道内细菌和真菌的平衡状态，能抑制有抗真菌作用的某些革兰阴性菌和能合成维生素B族的细菌的生长；维生素B族的缺乏，也可导致细胞氧化作用的辅酶受抑，使组织抵抗力降低，因而有利于真菌生长。
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4.宿主的全身性疾病
先天性免疫功能低下（如胸腺萎缩）、接受较大量X线照射、无γ-球蛋白血症，以及影响免疫功能的网状内皮系统疾病如淋巴瘤、白血病等，都容易并发念珠菌病。血清铁代谢异常被认为是念珠菌病病因之一。严重的免疫缺陷病，常合并口腔念珠菌感染。内分泌功能低下，如甲状腺功能低下、爱狄森病、脑下垂体功能低下者，均易患念珠菌病。糖尿病病人皮肤表面的pH值低下，含糖量较高，利于白色念珠菌的生长和侵袭。亦有人认为由于糖尿病病人表皮角化层的脂肪酸含量较低，抑制真菌的能力减弱所致。
5.其他因素
在高温潮湿的条件下工作，易于发生皮肤念珠菌病。慢性局部刺激，如义齿、过度吸烟等，均可为白色念珠菌感染的因素。在产院婴儿室中，病原菌可来源于产妇的阴道，使初生儿发生鹅口疮。由于产妇阴道的感染，20天内的新生儿发生皮肤念珠菌病的也最多。
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