题主，我是老实人，我来回答你的问题。
我们先一起看看瘟疫的整体情况：
据历史记载，就在明王朝内忧外患之时，一场大规模的瘟疫开始席卷了明王朝的大江南北。这场瘟疫发生于1633年，最早从山西开始爆发，一下子就席卷了山西全境。据《古今图书集成》记载：
垣曲、阳城、沁水大疫，道殣相望。高平、辽州、大疫，死者甚多。
在很短的时间内，这场瘟疫就扩散到陕西、北京、河北、河南、山东等地，并进一步演变成席卷南京、浙江等地的特大瘟疫，是明朝万历年间大瘟疫后的又一次大瘟疫。据记载，到明朝灭亡的1644年这场瘟疫都仍然在继续，在天津爆发，达到最高潮。据《明史》记载：
一人染疾，传及阖家，两月丧亡。
瘟疫的特点
首先，这场瘟疫当时的人称之为“探头瘟”，瘟疫传染速度更快，死亡率更高。比如据记载，开封府武县感染上瘟疫的人“死者十九”，更有无数家庭直接满门灭绝。当时居然达到了一人染上瘟疫，全家人在短时间就会感染，不出两个月全家灭绝的情况。《阳武县志》记载：
瘟疫大作，死者十九，灭绝者无数。
其次，虽然与万历年间的大瘟疫一样，山西仍然是这次瘟疫的原发地，但瘟疫的流行却呈现出多个疫情中心的情况。据记载，当时的京师和天津地区疫情十分惨烈，甚至超过了原发地山西地区，而南方地区的南京又是另一个疫情中心。
这场大瘟疫发生和蔓延的原因
1.明朝末年生态环境恶化、灾害频繁发生
明朝末年，由于土地兼并加剧，流民增多。大量的流民流向了边境地区开垦荒地，导致边境地区的生态环境逐渐恶化，而这一地区恰恰是鼠疫自然疫源地，导致鼠类向内地迁徙觅食。
而内地由于人口数量的大幅增加，生活垃圾明显增多，而官府却没有采取相应的措施来规划、处置这些生活垃圾和卫生问题，导致内地生态环境同样也不容乐观。
另外，据记载，明朝末年的大小灾荒远远高于历史上大多数时期，这也使得民众长期处在不正常的生活秩序，身体抵抗能力明显降低。
2.频繁的战争使得人口大量死亡与大规模流动
一般而言，战争会引起人口的大量死亡，而这些大量因战争、饥饿或疾病的死者尸体往往大多数并不能被及时得到处理与掩埋，这也就为瘟疫的发生和传播提供了温床。而明朝末年，政局动荡，其中又以明王朝与李自成势力、张献忠势力之间的战争最为频繁，使得全国各地几乎都陷入了战争的动荡中。比如据记载，1632年辽州被攻下后，尸体堆积如山，满门灭绝的就有几百户。
而且，战乱往往会影响社会的稳定，使得大量人口出于躲避战乱出逃，从而使得部分人可能携带瘟疫逃亡其他本来安全的地区，最终加快了瘟疫的蔓延速度。据记载，当时凡是农民军经过的地方，往往携带有瘟疫，甚至出现了：是年凡贼所经地方，皆大疫，不经者不疫。
3.官府对社会医疗体系的不重视和救治效率的低下
明朝时期，明朝的统治者效仿前朝旧制，依旧设置了医学和惠民药局两个机构。但是明朝对这两个机构的重视程度却显然不如前朝，导致实际运行效果太差。这主要表现在以下几点：
备注：医学是明朝政府主办的用于培养和训练医师的机构，协助治疗各地病人。惠民药局则用于储备药品，以备不时之需。
一是明朝时期对医官的选拔形同虚设，明朝的医官普遍医疗水平不高，甚至多次出现庸医误人的情形。
二是惠民药局虽然朱元璋时期就成立了，但由于经费拨付不足，导致惠民药局逐渐从一个常设机构变成了一个临时的救济机构。据记载，在万历年间，这个机构就已经只剩下遗址了，只有当瘟疫发生时才会在这个遗址上发放药物，甚至到明末时，这些遗址附近发放药物也只剩下零丁几处地方。
三是没有系统的制度维持运行，尽管个别皇帝在位时由于个人喜好有所重视，但都是偶然之举，并未建立从京城到地方的一套完整制度，救助不成系统，范围也有限。
四是政府对医学技术的不重视。其实早在宋朝时期，就已经发现了隔离治疗的方法来对付瘟疫，但是明朝时却基本没有采取这种科学的方法。
对明末战局的影响
过去对明朝末年的战局分析往往侧重于军事和政治，但我们如果将瘟疫与战局结合起来的话，却会发现明朝末年的大瘟疫影响了当时的战局进展，这种影响主要表现在两个方面：
一是这场大瘟疫使得明朝的社会矛盾进一步激化了，加剧了区域经济和社会的崩溃，从而使得农民起义的规模进一步庞大。而主要发生于明朝核心统治区域的瘟疫又使得明王朝的国力和统治力量得到了明显的衰弱；
二是这场瘟疫甚至直接影响到具体战役的进行。比如李自成军队攻打北京时，当时北京已经爆发了瘟疫，导致城池的防守能力下降，使得李自成很顺利的拿下了北京。而某种程度上，李自成选择撤出北京，似乎可能也可能和这场瘟疫有关系，《明史纪事本末》：……京营兵疫，其精锐又太监选去，登陴羸弱五六万人，内阉数千人，守陴不充。
明末鼠疫，又称明末华北鼠疫、京师大瘟疫、明末大鼠疫、疙瘩瘟，是指明朝崇祯帝在位期间中国北方出现的大鼠疫。 明代中期以后中国进入了一个空前少雨的年代，出现全国性的大旱灾。万历、崇祯年间，旱灾变得越来越频繁，大旱之年的比率也在增加。波及华北数省的大鼠疫首先在山西爆发。 明末大鼠疫开始于崇祯六年（1633年），地点是山西。崇祯十四年传到河北，并随着李自成和清朝的军队传到更多的地区。崇祯十四年（1641年），鼠疫传到北京，造成北京人口的大批死亡。[1]明末鼠疫这场大鼠疫是的“街坊间小儿为之绝影，有棺、无棺，九门计数已二十余万。”北京在1643年的8月到12月间，保守估计死亡人数已高达全城的五分之一。所以当次年的4月，李自成攻进大明帝国的都城北京时，他面对的是一座“人鬼错杂，日暮人不敢行”的死城。[2]上海交通大学历史学系教授曹树基根据华北地区明朝末年地方志以及一些明代人的记录，在其论文《鼠疫流行与华北地区社会的变迁》中，首次提出了明末席卷华北地区的瘟疫实际就是鼠疫。近十年之后，他与李玉尚合著《鼠疫：战争与和平》，对前期的研究做进一步的完善，提出了“老鼠亡明”的观点。[3]异常寒冷的气候频繁引发水灾、旱灾、蝗灾、鼠疫等，成为波及全国范围的大瘟疫，形成“水旱灾——饥荒——瘟疫”的恶性循环，,成为明王朝崩溃的根本原因
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